Потратил некоторое время на неочевидное для меня.
GET запрос %mydomen%/api/2.0/categories формируемый согласно документации вернул не все категории товаров. При просмотре ответа сервера обнаружил параметр items_per_page.
Поменял запрос на %mydomen%/api/2.0/categories?items_per_page=1000000000. В ответ сервера стали попадать все категории. Возможно просто не нашел в документации способ указать возвращать все итемы, без кунштюка с 1000000000.