УТ вообще, на сколько я знаю, слаба сама по себе в плане работы с ИМ. В УНФ есть галочка в настройках обмена - запрет изменений заказов в статусе проведён, что запрещает карту вносить какие либо изменения дальше.
А это Обмен заказами с 1С|Модуль: [1С расширенный обмен] это вам вероятно поможет, изменения из 1с уйдут в карт, затирать нечем будет.
Расскажите потом, что получится и как.
Либо модуль вам поможет, либо нужно будет и доработка по первому абзацу и модуль, без него карт изменения в заказах не прочитает(в унф все работает, изменённые заказы выгружаются, но без модуля карт их не читает)