Думаю что никак. Скорее всего нужно внести изменения в модуль Commerce ML поставить чек бокс не грузить цены и доработать функции. У вас стоит чек бокс использовать остатки и цены скорее всего. Значит будет отрабатывать файл offer.xml в нем получается есть остаток и цены. Если на уровне 1с например убрать цены применить любые другие ухищрения то при отработке оно поставит на цену нуль. Поэтому и пишу что надо на стороне карта внести изменения на запись и обновление товаров из offer.xml
Для этого создается модуль отельный которые перезаписывает основную поставку и работаете уже сейчас. Когда выйдет официальная доработка обновляетесь без проблем и выключаете модуль.