Если вам подойдет платное решение - посмотрите Модуль от RetailFactory.ru: Автоматизация прайсов поставщиков. Импорт товаров, обновление цен и остатков из Excel/XML/CSV файлов
Одна из фич - это замена стандартного обмена с 1с в части остатков и цен, не вы первый жалуетесь на такое. Для одного из клиентов мы делали адаптацию модуля под 1с обмен, файл переваривается спокойно и гораздо быстрее, чем CommercML