При установке галочки "Исключить экспорт" в настройках импорта товара для дополнительной витрины товар, оказывается, не исключается из файла YML, а ему просто присваивается значение false.
Т.е. при запрете экспорта для основной витрины товар из фала исключается, а если поставить галочку для файла дополнительного магазина, то товар все равно выгружается в маркет.