Отключить оплату для товаров "Под заказ" (поле Действие при отсутствии товара в наличии)

Из коробки никак, а в целом наш модуль эту проблему решает Модуль от RetailFactory.ru: Оплата заказа после подтверждения менеджером + ссылка на оплату заказа