Подскажите, что можно сделать?
Сделали перенос данных из УТ10 в УТ11. При выгрузке из УТ11 задваиваются картинки 
Можно ли их все удалить на сайте со ссылками и заново перезаполнить? Или как-то по-другому?
Разработчиками не предусмотрено, надо что-то мудрить. Более того, есть еще и модуль SEO от фактически тех же разработчиков что и CMS(Simtech Dev), он умеет переименовывать изображения… но не совместим со стандартным модулем CommerceML и соответственно после сео-оптимизации имен изображений модулем повторная выгрузка товаров задублирует фотографии. Проблема в том что сопоставление фотографий идет по именам файлов. У вас они поменялись, скорее всего, при переносе данных из УТ10 в УТ11.
Что с этим делать - большой вопрос. По-хорошему - тут нужна доработка самой CMS, эту проблему системно силами сторонних разработчиков и модулями не решить. Это проблема не только дублирования фоток, это и проблема сео и проблема взаимодействия со сторонними системами и т.д.
Поправка: CS-Cart и Simtech Development — это разные компании. У каждой из них свои сотрудники и задачи. Даже Help Desk свой. Пересекаемся мы не так часто, как может показаться со стороны.
Имена не поменялись, размеры те же. Но загружаются как новое фото…
С новыми именами?
Это не скажу, надо проверить. Я вижу 2 картинки, перегружала из старой в новую 1С сохраняя имена