Здравствуйте, @LaserToner.
Проблема c несохраняющимся индексом была решена, исправление войдет в релиз CS-Cart 4.9.3.
Для решения проблемы собственными силами можно использовать следующий патч:
Как применить патч, рассказано в следующей статье:
https://www.cs-cart.ru/docs/4.9.x/upgrade/apply_diff_file.html