Была подобная тема в баг-трекере: [4.9.2.SP1] Модуль CommerceML "Синхронизация расположения товаров в категориях при обмене 1С с сайтом"
Багом не признали.
Если в 1С сменили категорию, то надо чтоб и на сайте она сменилась, а не добавилась, как дополнительная.
Надеюсь к этому прислушаются и перепилят логику.