Резервная копия выбранного магазина на Ultimate

Как можно сделать бэкап конкрентного магазина на мультидоменной лицензии, то бишь Ultimate?

И можно ли сделать бэкап выбранного магазина в виде - загрузил на хостинг и развернул с использованием отдельной лицензии?

Нет, нельзя. Делайте полный бэкап и удаляйте витрины после развертывания

Т.е. сделать можно только полный бэкап вместе с лицензией на главный домен. Очень продуманное решение.