Телефон у меня тоже пропадал. Заметил, что в переменную user не записывается больше поле s_phone, вместо него появилось просто phone. Попробуйте заменить у себя шаблоне
Может быть это связано с такой проблемой? https://forum.cs-cart.ru/t/novoe-oformlenie-zakaza-vidimye-v-zakaze-polya/8610
Попробуйте проверить, какие поля у вас выведены в блоках чекаута.