Добрый день.
Исправление будет добавление в следующее обновление. По срокам его выхода ничего сказать не могу, однако, если ждать не хотите, для исправление проблемы своими силами можно использовать следующий файл:
Настройка «Изменять вариации…» всё так же видна только в режиме «Все витрины».
Вариация по умолчанию всё так же не меняется.
Стоит выключить галку «Показывать товары, которых нет в наличии», товары, у которых в главной вариации ноль, но в других вариациях полно остатков, пропадают с витрины.
Если я правильно понял, в данный момент у вас уже существуют вариации товаров, у которых главная вариация имеет нулевое количество. К сожалению, сами по себе изменения не изменят главную вариацию у таких товаров, их необходимо либо пересохранить, либо обновить количество при помощи функции импорта, либо же используя обмен в модуле CommerceML.
Сами по себе, внесённые изменения лишь исправляют ошибку с тем, что когда количество товаров у главной вариации доходило до нуля, то несмотря на включённую настройку Изменять вариацию по умолчанию, когда её скрывают или она заканчивается на складе, главная вариация у товара не изменялась. Теперь эта проблема не должна происходить и в следующий раз, когда количество товара у главной вариации опустится до нуля, главной автоматически станет другая вариация, которая есть в наличии.