Было такое же. Там есть мелкие отличия в файлах, потому что они остаются от предыдущей версии, а детектор ядра сравнивает с текущей.
Конкретно, например, в файле admin.php осталась строка со старой поддерживаемой версией php.
Закиньте с заменой эти файлы из архива в папку сайта, пометки об изменении уйдут (admin.php не забудьте переименовать на свое название если оно есть):
core.zip (1,6 КБ)
Это файлы из дистрибутива CS Cart 4.9.1.