из под администратора - он же владеет всеми товарами, вот на все и распространяется. Вообще этот вопрос поднимался уже очень давно, и это бы логично, что для мультивендора в импорте - была бы возможность выбрать вендора, для которого происходит импорт, но пока все впустую.
Как вариант - перед импортом в товарах выбрать все товары конкретного вендора и через массовое редактирование сбросить им количество в 0, а затем произвести импорт без этой галочки.
Потому что пока она (галочка) в мультивендоре - зло.
попробую на тестовом сайте. Это возможно решит проблему только одного вендора. Состояние складов по другим вендорам и особенно тем товарам, по которым нет XML, информация не восстановится. Только backup, с потерей всех заказов за текущий день