Странно, что разделы с товарами без наличия модуль не скрывает от индексации и не удаляет из сайтмап автоматом, как это происходит с разделами в которых вообще нет товаров. Как по мне это промах AB, но что есть, то есть.
С чего бы он должен ее скрывать, поведение в данном случае единственно правильное. Хотите, чтоб скрывал, нужно не отображать товары, которых нет в наличии, тогда будет скрывать.