Я нашел в чем причина.
Это совместный косяк цскарт и 1с.
В модуле цскарт функция createImportFile() может записывать присланное из 1с в двух режимах - w или a.
И выбор зависит от проверки существующего файла в функции xmlCheckValidate().
Не знаю зачем цскарт так сделали. Но видимо причины какие-то были.
Однако в какой-то ситуации это приводит к ошибке.
Если xmlCheckValidate() что-то не нравится в существующем файле.
В нашем случае особо доставляет то, что на два файла offers0_1, которые приходят на сайт из разных обменов, xmlCheckValidate реагирует по разному )