Уточните еще раз после обмена с МойСклад основной категорией становится "Окунь" или "Prox Nezakana Gonzo AIR-K", если "Prox Nezakana Gonzo AIR-K" , то это естественно т.к. у товара в файле выгрузки в качестве категории используется Ид именно категории "Prox Nezakana Gonzo AIR-K" .
Настройка "Тип для категории выгружаемой из 1С" нужна для того чтобы устанавливать соответствующий тип для загружаемой категории. Например, если выбрана "Главная", то загружаемые категории у товара будут главными.
В вашем случае у товара используется ИД - XSTx-Kh5gNPI5g2pfCv902, что соответствует категории "Prox Nezakana Gonzo AIR-K" она и будет главной для товара.