Начиная с версии 4.8.1, при формировании прайс-листа, в списке категорий выгружаются все категории Яндекс.Маркета. Вам нужно задать значение Категория Яндекс.Маркета для выгружаемых товаров/категорий.
Эти изменения потребовались из-за того что после недавних изменений на стороне Яндекса свойство market_category у товара перестало определять, в какую категорию на Яндекс.Маркета выгрузится товар. Из-за этого при выгрузке товаров, они попадали в случайную категорию