Не могу найти штатной возможности удалить для конкретной витрины (по company_id) все комбинации товаров, созданные из опций. Удалять вручную, заходя в каждый товар, еще то удовольствие. Вижу примерно такую логику:
удалить всё из cscart_product_options_inventory для тех product_id, у которых в cscart_products company_id совпадает с требуемой.
Это, естественно, ручками в базе придется делать.
Или есть какой-то цивилизованный метод?
По вашей логики, это примерно надо сделать так
DELETE FROM
cscart_product_options_inventoryAS i
INNER JOINcscart_productsAS p ON i.product_id=p.product.id
WHERE p.company_id = Номер компании;
Ага, по логике именно так 
Но не очень люблю я в базе ручками шерудить. Было бы гораздо лучше сделать это как-то из административной панели.
Вы можете сделать экспорт БД и в случае, если что то пойдет не так, вы можете в любое время восстановить.
Если из админ панели, то вам скорее всего придется заказывать модули.
Да, это понятно