Собственно сабж. Для основного товара есть вкладка Модули, в которой можно задать Код товара (external id). У вариаций товара не вижу, где через админку можно задавать это значение.
Посмотрите на модуль от MakeShop “Внешний код для нового обмена CommerceML”
https://marketplace.cs-cart.com/ms-fix-external-id.html
У меня External Id и для вариаций доступен.