Mod_rewrite

Проблема не могу настроить работу mod_rewrite в связке Nginx + PHP-FPM + MySQL, то что указано в документации CS не работает, если возможность пришлите рабочий nginx для ISPmanager

Ну mod_rewrite это модуль Apache. К вашей связке отношения не имеет.

модуль seо не работает, в подкатегориях товар не отображается

Со стандартным конфигом https://docs.cs-cart.com/latest/install/nginx.html товары точно должны открываться. Я брал конфиг по ссылке и все работало. Только его конечно не бездумно надо копировать, а хотя бы примерно понимать что за что отвечает.