Мы не смогли воспроизвести проблему с отсутствующим деревом категорий, но воспроизвели проблему с отображением только дочерних категорий в дереве, если в установке несколько витрин.
Если вы все еще воспроизводите первую проблему в вашей установке, пожалуйста, создайте тикет в Help desk, чтобы мы смогли изучить ее.
Все таки ошибка имеет место, просто с этой проблемой пришли к нам и устроили разнос у нас на ветке )) якобы наши модули делают такой забавный баг. Мы проверили на чистой установке и воспроизвели так:
добавили структуру категорий в 3 уровня подчиненности
добавили новую витрину
получили отображение урезанной структуры на первой витрине в блоке слева (при редактировании категории)
Просто нужно обратить внимание на полноту структуры в этом блоке (не на наличие элементов, а на их полноту, а она действительно имеет проблему)