Не пойму почему не работает)

После установки второй витрины не работают многие настройки, например редактирование заказа, настройка способов доставки и прочее… В чем дело, кто подскажет?

посмотрите под каким пользователем вы это пытаетесь делать
В Многовитринном варианте есть Рутовый админ и админ витрины.
у них разные права если вы под админов витрины то многие настройки вам будут не доступны

Нужно выбирать “Все магазины” для редактирования глобальных настроек