Где возникла проблема: подтверждено на демо https://dev.demo.cs-cart.ru/stores/61986e35cf0361f9/apparel/mens-clothing/?features_hash=1-10-5000-RUB
Суть проблемы: В случае вариаций как один товар, если применить фильтр (любой) к категории, то сортировка по цене работаете неверно. На скрине из демо видно, что белая футболка выводится первой (якобы самая дешевая), хотя ее цена выше чем у синей. Все из-за того что у белой футболки есть вариация стоимостью 10р и при сортировке учитывается именно она. Получается сортировка происходит по самым дешевым из имеющихся вариаций, а не по вариациям по умолчанию, которые на самом деле видит пользователь. В результате товары в категории выглядят неотсортированными.