Собственно проблема выявилась случайно.
При выполнении обмена с сайтом происходит следующая ситуация
Если в 1с розница 2.2 выставить Склад для остатков Магазин 1,то выгружается частично товары,которых нет в наличии с остатком 1 штука.
Если убрать выгрузку для магазина 1,то происходит выгрузка всех складов.
До обновления движка,все работало правильно,сейчас ситуация обратная.
Так как все таки настроивать обмен с сайтом,или настройки Cs-cart чтобы все снова работало?