Обновление Cms

Обновил cms доя версии 4.3.4 с версии 4.3.3SP1 на локальном сервере. Код сайта находиться под git. Разрешил конфликты(те что были показаны в Центре обновлений). Как теперь мне обновить основной сайт? Я конечно могу сделать просто git pull в папке сайта, но 1) не нарушится ли целостность файлов, которая проверяется при скачке обновления, 2) как мне накатить миграции(файл конфига phinx.yml найти не могу, судя по всему он формируется динамически при обновлении и потом удаляется?)?