Обновление цен запросом, данные из файла

Подскажите, пожалуйста.
Экспорт из 1С на CS-CART
Боролась с обоими вариантами commerceml. Не договориться с выгрузкой цен (у нас оптовый магазин, цены по соглашениям, часто персонально для клиента). Решено было написать скрипт php, осуществляющий чтение цен из файла и update/insert в таблицу. Выгрузку товаров и остатков, а соответственно и основного соглашения (цена по умолчанию) я оставила 1С-ную, загрузка товаров тоже.
Проблема: утром после ночной заливки цен в таблицу cscart_product_prices у меня под 90 тысяч строк. Сейчас проверила - осталось 17000.
Подскажите, какой процесс может удалять строки из cscart_product_prices ?

Чтобы ответить на этот вопрос, надо видеть ваш код

Создана таблица temp_prices(usergroup_id, product_code, price)
В нее вставлены данные из файла, сформированного в 1С: группа, артикул, цена
Далее запросами данные закачиваю в

    // Обновляем записи в основной таблице
    $sql_string = db_query('TRUNCATE table cscart_product_prices');

    $sql_string = db_query('insert into cscart_product_prices (usergroup_id, product_id, price, percentage_discount, lower_limit)
            select distinctrow a.usergroup_id, b.product_id, a.price, 0, 1 from
            temp_prices a
            JOIN cscart_products b
            ON a.product_code = b.product_code');

    $sql_string = db_query('insert into cscart_product_prices (usergroup_id, product_id, price, percentage_discount, lower_limit)
            select  0, product_id, 0, 0, 1 from cscart_products where product_id not in (select product_id from cscart_product_prices where usergroup_id = 0)');

Обновление идет ночью. Утром заполнены цены на товар (закладка оптовые скидки в карточке товара) для нескольких групп покупателей, к вечеру они пропадают…

значит надо понять, что происходит днем. какая-то еще синхронизация? с 1С?