Аналогичная ситуация :) у четвертой версии это прям хроническая болезнь.
Немного поясню нашу позицию.
Мы меняли апгрейд центр таким образом исходя из самого важного - это работающий магазин. Все что могло угрожать последующий работоспособности магазина должно останавливать процесс обновления.
Так как сам по себе процесс обновления - это угроза того что магазин может сломаться (причин масса от проблем на сервере до ошибки разработчиков), то до тех пор пока мы не будем уверены что бекап создался и доступен для восстановления мы процесс обновления не запускаем.