Почему после перезагрузки VDS cs-cart летает, через какое-то время cs-cart начинает тормозить ?
Ну наверное есть какая то причина 
Смотреть надо кто что жрет.
ну вы как нибудь только пых перезагрузите возможно pool забивается и выстраивается очередь на выполнение.
Бывает еще после перезагрузки скуля оживает. Что там именно забивается, не в курсе. Очереди запросов нет, а сами запросы выполняются долго. Ребутнешь - летает, те же самые запросы в той же бд выполняются на порядок быстрее.
2 лайка
htop скрин выложите?