При отсутствии товара в наличии - как массово на все товары настроить возможность "подписаться на уведомления?"

Или же это настраивается исключительно для каждого товара отдельно?

Да, это для каждого товара поле . Можно все экспортировать и проставить значение.

Через импорт/экспорт out of stock actions

В phpMyAdmin

UPDATE cscart_products SET out_of_stock_actions = 'S';