При выгрузке товаров из 1С в CMS выгружаются товары с ненужных складов, хоть и стоит галочка выгружать только с основного. В import.xml смотрел, наличие стоит правильно, что-то на основном, что-то на доп.складе. Но сайт берет наличие из тэга количество, который суммирует все склады.
Да CS-Cart берет общее кол-во по складам, т.к. предполагается, что при указании конкретного склада 1С должна выгружать количество именного этого склада и ни каких больше.