Насчёт основной проблемы, которую вы описали, ответит техподдержка, а вот вторую проблему я недавно видел. Скорее всего, поможет вот это решение: Попробуйте Улучшенный Импорт Товаров - #281 от пользователя ikoshkin
P.S. В будущих версиях этого делать будет не нужно, там сразу будет стоять значение 50000.