Проблема - создают заказы на товары которых нет в наличии

Скорее всего, зависит от max_input_vars и max_post_size на сервере. Через экспорт/ импорт быстрее проставить всем товарам нужную настройку

Данная опция скрывает товар из каталогов, при этом по прямой ссылке товар остается доступным.

Вы можете отключить опцию Разрешить отрицательное количество товаров в наличии и тогда товары с нулевым количеством нельзя будет заказать.

Вы понимаете , что Ваш ответ не решает проблему ?
Для работы с товарами которые заказывают по пред-заказу, которых еще нет в наличии или у поставщика нужен механизм работы с отрицательными остатками.

А вот для другой части товаров, нужно запретить возможноть покупать товары которых нет в наличии, так как возможно это уже снятые с продажи позиции либо имеющиеся в ограниченном кол-ве у поставщика на складе.

И я хочу иметь возможность работать с обоими вариантами.

Вы же в качестве лекарства от головной боли предлагаете “топор”

В этом случае единственный возможный вариант - тот который обсуждался выше, ограничивать эту возможность для конкретных товаров.

Божечки мои … мы же не в Госдуме ?!

Как вариантом может ограничение?

Вариантом может быть ваше решение, по работе с описанным выше функционалом!
Что за меры - запрещать и не пускать ?

Имеется в виду, ограничивать добавление в корзину для конкретных товаров, включением возможности Подписаться на уведомления.

Так у товаров именно так стоит, тем не менее их кладут и оплачивают с минусовым остатком