Я тоже давно наблюдаю эту проблему спасает только выключение этих товаров, что конечно плохо отражается на SEO этих страниц, на товар приходят из поисковиков по ссылке в каталоге по ключевым их не находит, но если ввести точный адрес, то можно перейти на товар. Можно сделать настройку подписываться на товар, чтобы не добавляли в корзину при отсутствии, я делаю так с товарами которые не хочу выключать, чтобы они не выпадали из индекса, это скорее не баг, а логика при появлении в наличии они начинают показываться в каталоге, а для поисковых систем всегда видимы, когда появляются не нужно опять продвигать.
Я вообще не убираю эти товары из видимости в каталоге, при загрузке ставлю всем подписываться, чтобы не могли сделать заказ люди находят товар в поисковиках и заходят на сайт-больше посещений кому очень нужен подписываются, у розетки также товары которые даже уже не будут продавать все равно находятся на сайте и в индексе. Выключаю товары только те которые точно уже не появятся в наличии.