Максимально странное и неожиданное поведение, но предложенный вариант с хуком решил вопрос. Еще раз спасибо leonidov.
Конкретно у нас проблема не с тем что варианты похожи “1280x720” и “1280Х720”, а в том что как раз в файле импорта они идентичны, например у 38 товаров абсолютно одинаково указано “1280x720”, а вносится не один вариант, а 38 ))
Перед импортом файлик проверяется максимально, и например устраняются такое как русская “х” и англ “х”, лишние пробелы и прочие косяки контентщиков