в УТ детально я не разбирался, но в УНФ выгрузка статусов завязана на отгрузку или оплату. То есть, заказ с сайта пришел, к нему создаем счет на оплату и, о чудо, статусы(состояние документа) начинают ходить туда сюда.
Так же, аналогичную тему обсуждали еще очень давно Не Выгружаются Статусы Заказов Из 1С
Касаемо перезатирания изменений сайтом, в УНФ есть опция в обмене
В общем и целом, вопрос обсуждается уже лет 6 если не больше) четкой инструкции для людей я пока не нашел)
И еще вот:
Статус заказа меняется, если из 1С передались дата оплаты либо дата отгрузки товара.
Чтобы эти даты попали в XML-файл, который формируется 1С и передаётся на сайт, нужно сформировать и провести нужные документы.
В 1С:УТ зарегистрировать оплату заказа можно путем ввода на основании заказа документов оплаты, таких как Платежное поручение входящее и Приходный кассовый ордер.
Отгрузка, как правило, регистрируется вводом на основании заказа документа Реализация товаров и услуг.
Если в регистре Расчеты с контрагентами остаток по заказу <= 0, заказ считается оплаченным.
Если в регистре Заказы покупателей остаток по заказу <= 0, заказ считается отгруженным