Страницы пажинации имеют разный контент, поэтому не являются дубликатами.
В данном случае поисковики дают разные рекомендации по созданию таких страниц. Google рекомендует добавлять на каждой странице пажинации атрибут canonical со ссылкой на эту страницу, т.е. так, чтобы каждая страница индекисровалась (https://webmasters.googleblog.com/2013/04/5-common-mistakes-with-relcanonical.html). Яндекс же рекомендует добавлять атрибут canonical со ссылкой на первую страницу пажинации (т.е. так, чтобы индексировалась только она).
В CS-Cart это поведение соответствует требованиям Google.