Вы ошибаетесь, ничего сложного, проблема, что у вас css будет огромный, а корректнее его будет разбить на 2 и если стоит сейчас Светлая тема грузить светлый css а в подвале темный и на оборот.
По нажатию на кнопку к тегу html можете банально приписывать class и вуаля