Создал случайно не нужные категории, через экспорт\импорт. В них лежат товары.
при удалении категории, кс-карт предупреждает, что удаляться и товары. Они действительно удаляться, если эти же товары лежат в других еще категориях?
В CS-Cart товары должны переместиться в специальную категорию (корзина)
В Multi-Vendor удалятся безвозвратно
То есть они все равно удаляться, даже если товар есть в другой категории?
А где находиться корзина?
В списке категорий. Чтобы убедиться что все именно так - создайте категорию, создайте товар в ней, удалите категорию. дел на 2 минуты, а уверенности после этого - на миллион 
Ну да, бэкап - наше все!
Если основная категория, то да. Если дополнительная, то не должны