в своем модуле использую для этого следующий шаблон
'/app/addons/',
'/design/backend/css/addons/',
'/design/backend/mail/media/images/addons/',
'/design/backend/mail/templates/addons/',
'/design/backend/media/images/addons/',
'/design/backend/templates/addons/',
'/design/themes/[*]/css/addons/',
'/design/themes/[*]/mail/media/images/addons/',
'/design/themes/[*]/mail/templates/addons/',
'/design/themes/[*]/media/images/addons/',
'/design/themes/[*]/templates/addons/',
'/js/addons/',
'/var/addons/',
'/var/themes_repository/[*]/css/addons/',
'/var/themes_repository/[*]/mail/media/images/addons/',
'/var/themes_repository/[*]/mail/templates/addons/',
'/var/themes_repository/[*]/media/images/addons/',
'/var/themes_repository/[*]/templates/addons/'
Если у вас одновитринный магазин - мой модуль точно подойдет, есть опция полного физического удаления модуля с диска.
а еще хорошо бы посмотреть файл addon.xml и удалить неудаленное из БД