Спасибо. Прочитал справку, там оказывается это есть…
Если вы удалите какую-нибудь категорию, то все товары из неё, которые не относятся к каким-то другим категориям на этой витрине, будут перемещены в категорию-корзину.
Зачем тогда пугать в алерте, что все товары будут удалены.
Будут удалены все товары выбранной категории, а также все ее подкатегории и их товары.
Добавте чтоли, что останутся привязанные к другим категориям на своем месте.