Проблема заключается в том, что через импорт маркетплейса проходит огромное количество файлов поставщиков и совершенно естественно group_id в некоторых из них совпадают, в следствии этого вариации ломаются.
Штатными средствами исправить ситуацию невозможно, так как не один из существующих модификаторов для Variation group code применить нельзя. Правка исходного файла импорта не представляется возможным, ввиду того, что файлов много, импортируются часто и по расписанию cron, кроме того, импортируются вендорами.
Полагаю, это не Баг, а обычная непродумка, т.е. системная недоработка. Уважаемые разработчики, пожалуйста решите данную проблему как можно оперативнее. Может быть предложите diff, чтобы работа маркетплейса не тормозилась.