Возможно, поможет этот пост: Склады в CS-Cart: Вопросы и ответы. В нём описана единственная возможная причина, которая мне известна. Если тот пост не поможет, то надо проблему изучать на сайте, т.е. обратиться в техподдержку через Help Desk. Иначе установить причину будет сложно, и можно будет только гадать.