@moba, скорее всего, у ваших складов и магазинов не задана настройка “Доставка в” (см. её описание в документации). Она нужна, чтобы можно было настроить, с какого склада и куда доставляется товар.
Загляните в “Администрирование > Доставка и налоги > Тарифные зоны”. Там на странице редактирования каждой тарифной зоны можно посмотреть, товар с каких складов/магазинов в этой тарифной зоне считается в наличии. Заодно можно задать разный порядок списания для разных тарифных зон.