Вышла 4.10.1 RC1 — попробуйте новую версию до официального выхода

Спасибо за информацию. Проблему воспроизвели и исправили. Исправление войдёт в один из будущих RC, и уже вошло в финальный релиз 4.10.1 в таком виде:

  1. Когда все характеристики с целью “Сгруппировать вариации в одну позицию в каталоге” (теперь это “Вариации как один товар”), например, “Размер”:

    Во всех характеристиках учитывается позиция варианта.

  2. Для случая когда есть характеристики с целью “Сгруппировать позиции в каталоге как вариации” (теперь это “Вариации как отдельные товары”), например, “Цвет”:

    Позиция варианта также учитывается при выборе подходящего товара, но приоритет отдается родительским товарам. Таким образом, если родительский товар имеет комбинацию вариантов характеристик Цвет: Черный; Размер: M, то при переключении на Цвет: Черный, будет показан именно размер M.