Если в личном кабинете Яндекс Доставки настроено условие Бесплатная доставка если стоимость заказа больше ХХХ руб. , то модуль не учитывает это условие и все равно ставит стоимость доставки
В текущей версии при запросе вариантов доставки магазин не передает стоимость заказа, поэтому это условие не может учитываться. Мы рекомендуем создать аналогичную промо-акцию в магазине.
Я создал feature request с предложением добавить этот параметр в запрос.