Не знаю, каким образом у вас привязался заказ. Но исправление этого косяка, привязка ранее оформленных до регистрации клиента заказов - одна из фич модуля(в том числе и по телефону, не только по имейлу) Модуль от RetailFactory.ru: Оптимизация оформления заказа - отмена валидации занятости email + авторегистрация
А когда оно у вас ранее оформленные заказы в качестве гостя начали привязываться к кабинету зарегистрировавшегося покупателя? В моих версиях такого вроде как не было.