Опции и вариации — это сущности разного порядка. Поэтому корректнее будет сравнивать:
Комбинации создаются на основе опций, а вариации — на основе характеристик. Обе этих сущности нужны для одной цели — переключение между вариантами товара в карточке. Раньше эту роль выполняли комбинации опций, но у них были серьёзные недостатки (например, нельзя было задать цены, оптовые скидки и пр. для отдельных вариаций + импортировать и экспортировать их надо было в отдельном файле).