Механизм акций в CS-Cart требует доработки, вот тут есть обсуждение в том чисел мои мысли на тему: Улучшаем функционал Промо-акции и скидки - #42 от пользователя russur
Но вообще то поведение что Вы описали - нормальное. Покупатель рассчитывает, что цены в каталоге (не важно с акциями или без) останутся такими же в корзине (уменьшаться промокодом им можно, увеличиваться нельзя). Иначе будет сильно похоже на надувательство.
Конечно хочется, чтобы например если на часть ассортимента установлена скидка в каталоге, промокод в корзине не действовал…