Что касается отправки из разных регионов то это Мультискладовость, это в ближайших планах на разработку, обсуждение тут: Склады, Многоскладовость - Изучаем Возможность Внедрить В Cs-Cart
Чтобы отключить отображение доставки для конкретного города, которая расчитывается в реальном времени - нужно ставить отдельный модуль. Навскидку не скажу какой.